ลำดับและประวัติเจ้าอาวาส (ตั้งแต่องค์แรกจนถึงปัจจุบัน)
๑. พระราชาคณะ ไม่ทราบสมณศักดิ์ นามเดิมว่า (พราย) ไม่สามารถสืบค้นประวัติเกี่ยวกับการเกิด การศึกษา การบรรพชา การอุปสมบท การครองวัดและมรณภาพได้ สันนิษฐานว่า คงครองวัดอยู่ประมาณ ๒๕ ปี
๒. พระเทพธรรมธาร (คง) เป็นชาวอำภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในสมัยรัชกาล ที่ ๓ ได้รับสมณศักดิ์เป็นพระครูฐานานุกรมสมเด็จพระสังฆราช วัดมหาธาตุ พ.ศ. ๒๓๙๔ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ที่ พระเทพธรรมธาร ครองวัดอยู่ ๒๑ ปี พระเทพธรรมธาร ได้สร้างวัดในบ้านชาติภูมิของท่าน คือ วัดโคกมะนาว อำภอท่าเรือ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
๓. พระประสิทธิสุตคุณ (นาค) เดิมอยู่วัดชนะสงคราม เป็นเปรียญ ๔ ประโยค ในรัชกาลที่ ๔ ได้รับสมณศักดิ์เป็นพระปลัดฐานานุกรมของ หม่อมเจ้าศรีวราลังการ วัดชนะสงคราม ต่อมาได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่ พระประสิทธิสุตคุณ ครองวัดอยู่ ๑๑ ปี บังเกิดอาพาธ จึงย้ายกลับไปอยู่วัดชนะสงครามตามเดิม และมรณภาพที่วัดชนะสงคราม
๔. พระวิสุทธิสมาจารย์ ( ฉัตร) เดิมเป็นพระสมุห์ฐานานุกรมอยู่วัดสระเกศ ได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็น พระครูสัญญาบัตรและพระราชคณะที่ พระวิสุทธิสมารย์ (เป็นพระครูสัญญาบัตร ๘ ปี เป็นพระราชาคณะ ๑๕ ปี)
พระวิสุทธิสมาจารย์ ได้ขอพระบรมราชานุญาตลาสิกขาเข้ารับราชการและได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นขุนวิสุทธิภัณฑากร เป็นผู้ชำนาญในเรื่องเครื่องลายคราม เคยเป็นกรรมการตัดสินการประกวดเครื่องลายคราม ในสมัยรัชกาลที่ ๕ อยู่หลายครั้ง
๕. พระครูวิสุทธิสังวร (ผ่อง) เป็นชาวบางขนุนขุนกอง จังหวัดธนบุรี (ปัจจุบันรวมเป็น กรุงเทพมหานคร) เกิดเมื่อ ปีกุน พ.ศ. ๒๓๘๒ บิดาได้นำไปฝากและให้บรรพชาในสำนักพระเทพธรรมาธาร (คง) วัดมหาธาตุ เมื่อพระเทพธรรมธาร ย้ายจากวัดมหาธาตุ มาครองวัดภคินีนาถ สามเณรผ่องได้ติดตามมาด้วย สามเณรผ่องได้เล่าเรียนศึกษาในสำนักพระเทพธรรมาธาร และอาจารย์แย้ม วัดใหม่เทพนิมิต เมื่อ พ.ศ ๒๔๐๓ ได้อุปสมบทที่วัดซองพลู จังหวัดนนทบุรี พระเทพธรรมธารเป็นพระอุปัชฌาย์ และ พระครูสีลาจารย์ และพระติสส ภิกขุ เป็นคู่กรรมวาจาจารย์ ในพรรษาที่ ๓ พ.ศ. ๒๔๐๕ ได้รับสมณศักดิเป็น พระสมุห์ ฐานานุกรมของพระเทพธรรมาธาร พ.ศ. ๑๔๒๓ ได้รับสมณศักดิ์เป็นพระปลัดฐานานุกรมของพระวิสุทธิสมาจาร (ฉัตร) และเป็นเจ้าอาวาส หลังจากพระวิสุทธิสมาจาร ได้รับพระบรมราชานุญาตให้ลาสิกขา พ.ศ. ๒๔๓๘ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็น พระครูสัญญาบัตรที่ พระครูวิสุทธิสังวร ถึงแก่มรณภาพเมื่อ วันที่ ๗ ตุลาคม พ.ศ. ๒๔๗๕ ครองวัดอยู่ ๒๗ ปี
๖. พระธรรมถาวร (เซ่ง สงฺกจฺโจ) เป็นชาวคลองบางจากท้องที่ตำบลบางพลัด บิด เป็นจีนชื่อ ภงเต็ก มารดาชื่อ จัน เกิดเมื่อ ปีกุน พ.ศ. ๒๔๑๘ ได้อาศัยอยู่และศึกษาเล่าเรียนในสำนักอาจารย์พึ่ง วัดทอง ภายหลังเป็นศิษย์ของพระอธิการเหล็ก เจ้าอาวาสวัดทอง ได้ศึกษาเล่าเรียนมูลกัจจายนะและธรรมบท ในสำนักพระอธิการเหล็ก พ.ศ. ๒๔๓๘ ได้อุปสมบทที่วัดทอง พระอธิการเหล็กเป็นพระอุปัชฌายะ พระสุนทรสมาจารย์ วัดเทพธิดาราม และพระครูวิสุทธิสังวร (ผ่อง) วัดภคินีนาถ เป็นคู่กรรมวาจาจารย์ เมื่ออุปสมบทแล้วได้ศึกษาพระปริยัติธรรมสำนักอาจารย์สีทา วัดทอง พระอธิการเหล็ก วัดใหม่เทพนิมิต และพระมหายิ้ม วัดมหาธาตุ
พ.ศ. ๒๔๔๑ ดำรงตำแหน่งรักษาการเจ้าอาวาสวัดทอง แต่ยังสมัครศึกษาเล่าเรียน จึงลาออกจากงานปกครองไปอยู่ วัดมหาธาตุศึกษาพระประปริยัติธรรมในสำนัก พระมหาเฮง เขมจารี (สมเด็จพระวันรัต) และสำนักพระมหาเข้ม ธมฺมสโร (สมเด็จพระพุฒาจารย์ วัดพระเชตุพน) เข้าแปลพระปริยัติธรรมในพระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดาราม ๓ ครั้งแปลไม่ตลอด เมื่อเลิกจากการศึกษาเล่าเรียนได้กลับมาปกครองวัดทองตามเดิม นำความเจริญมาสู่วัดหลายประการ เช่นการศึกษา การบูรณปฏิสังขรณ์ เป็นต้น
พ.ศ. ๒๔๕๗ พระครูวิสุทธิสังวร (ผ่อง) วัดภคินีนาถ อาพาธ พระอาจารย์ได้ไปเฝ้าพยาบาลเป็นเวลา ๘ เดือน เมื่อพระครูวิสุทธิสังวรมณภาพแล้ว ได้จัดการศพเสร็จ และได้ปรึกษากับ หลวงประจักษ์ศิลปาคม (เจ้ากรมเปลี่ยน งำเมือง) มัคคนายก วัดภคินีนาถ เพื่อบูรณและปฏิสังขรณ์กุฏิและศาลาการเปรียญวัดภคินีนาถ ด้วยทุนทรัพย์ของพระครูวิสุทธิสังวร (ผ่อง) จำนน ๖๐๐.๐๐ บาท
พ.ศ.๒๔๕๘ พระธรรมไตรโลกาจารย์(เฮง เขมจารี) วัดมหาธาตุ เจ้าคณะแขวง ได้นำเข้าเฝ้าสมเด็จพระมหาสมณเจ้า
กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เพื่อกราบทูลขอรับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระครูสัญญาบัตร เป็นพระครูสังฆกิจจารักษ์ ฐานานุกรมสมเด็จพระวันรัต (ฑิต อุทยมหาเถร) วัดมหาธาตุ และโปรดให้มาครองวัดภคินีนาถ เมื่อวันที่ ๕ พฤษภาคม ๒๔๕๘ วันที่ ๑๐ พฤษภาคม ๒๔๕๘ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ เป็นพระครูวิสุทธิสังวร รับนิตยภัตเดือนละ ๘.๐๐ บาท มีฐานานุศักดิ์ตั้งฐานานุกรมได้ ๒ รูป คือ พระสมุห์ และพระใบฎีกา
วันที่ ๑๙ กันยายน ๒๔๗๘ ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่ พระธรรมถาวร
วันที่ ๑๒ พฤษภาคม ๒๔๘๓ ถึงแก่มรณภาพ ครองวัดอยู่ ๒๕ ปี
๗. พระครูวิริยกิจโกศล (ฤทธิ์) เป็นชาวลพบุรี อุปสมบทที่วัดภาณุรังษี ตำบลบางพลัด ธนบุรี ภายหลังย้ายมาอยู่และเป็นเจ้าอาวาสวัดเทพากร ได้รับสมณศักดิ์เป็นพระครูสัญญาบัตร ที่ พระครูวิริยกิจโกศล พ.ศ. ๒๔๘๓ พระธรรมถาวร มรณภาพ ทางการคณสงฆ์ มีคำสั่งให้พระครูวิริยกิจโกศล มารักษาการตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดภคินีนาถ ได้ปฏิบัติหน้าที่อยู่ ๒ ปี ก็ขอพระบรมราชานุญาตลาสิกขา ต่อมาอีกหลายปีจึงถึงแก่กรรม ฌาปนกิจที่วัดเทพากร และนำอัฐิมาบรรจุไว้ที่ฐานพระระเบียง วิหารคตด้านทิศตะวันตกของวัดภคินีนาถ ครองวัดอยู่ ๒ ปี
๘. พระครูอุปการประชากิจ (หงส์ ผุสฺสนารโต) เป็นชาวบ้านบึง อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี อุปสมบทที่วัดประตูสาร แล้วเข้ามาศึกษาในกรุงเทพฯ อยู่วัดอรุณราชวราราม วัดไทร คลองบางกรวย วัดทอง คลองบางจาก และวัดเปาโรหิตย์ ต่อมาได้เป็นเจ้าอาวาสวัดเปาโรหิตย์
พ.ศ. ๒๔๐๗ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระครูสัญญาบัตร ที่พระครู อุปการประชากิจ
พ.ศ. ๒๔๘๔ ได้รับคำสั่งจากทางการคณะสงฆ์ให้มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส วัดภคินีนาถ ครองวัดอยู่ ๒๓ ปี ถึงแก่มรณภาพ เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๗
๙. พระราชมงคลมุนี (เงิน สุทนฺโต) เป็นชาวตำบลองครักษ์ อำเภอโพธิ์ทอง จังหวัดอ่างทอง เกิดวันที่ ๑๓ กรกฎาคม ๒๔๖๔ โยมบิดาชื่อ ปั่น โยมมารดาชื่อ พุก ใจยิ้ม
การบรรพชา – อุปสมบท พ.ศ. ๒๔๘๑ บรรพชาที่ วัดภคินีนาถ พระธรรมถาวร(เซ่ง) เป็นพระอุปัชฌายะ พ.ศ. ๒๔๘๔ อุปสมบทที่วัดภคินีนาถ สมเด็จพระวันรัต ( เฮง เขมจารี ) เป็นพระอุปัชฌายะ พระครูวิริยกิจโกศล (ฤทธิ์) วัดภคินีนาถ และพระราชเวที (ดอกไม้) วัดเบญจมบมพิตร เป็นคู่กรรมวาจาจารย์
การศึกษา พ.ศ. ๒๔๗๘ จบประถมศึกษาจากภูมิลำเนาเดิม มาศึกษาพระปริยัติธรรมที่ วัดภคินีนาถ วรวิหาร
พ.ศ. ๒๔๘๔ สอบนักธรรมเอกได้ในสนามหลวง สำนักเรียนวัดภคินีนาถ วริหาร
พ.ศ. ๒๔๙๘ สอบเปรียญธรรม ๕ ประโยค ได้ในสนามหลวง สำนักเรียน วัดภคินีนาถ วรวิหาร
หน้าที่การงานและสมณศักดิ์
พ.ศ. ๒๔๘๔ เป็นครูสอนพระปริยัติธรรม ประจำสำนักเรียนวัดภคินีนาถ
พ.ศ. ๒๕๐๓ ทางการคณะสงฆ์แต่งตั้งให้รักษาการในตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดทอง ปลายคลองบางจาก รักษาการอยู่ ๓ ปี ๕ เดือนเศษ
พ.ศ. ๒๕๐๗ (พฤษภาคม) ทางการคณะสงฆ์แต่งตั้งให้รักษาการในตำแหน่ง เจ้าอาวาส วัดภคินีนาถ พระอารามหลวงอีกตำแหน่งหนึ่ง
พ.ศ. ๒๕๐๗ (๒๔ มิถุนายน) ได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าคณะแขวงบางพลัด – บางอ้อเขต ๑ และให้ย้ายจากวัดทองมาประจำอยู่ที่ วัดภคินีนาถ วรวิหาร
พ.ศ. ๒๕๐๗ ได้รับแต่งตั้งให้เป็นกรรมการตรวจประโยคบาลีสนามหลวง
พ.ศ. ๒๕๐๗ (๕ ธันวาคม) ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ เป็นพระครูสัญญาบัตรผู้ช่วยเจ้าอาวาสพระอารามหลวงชั้นโท ที่พระครูวิมลธรรมรังษี
พ.ศ. ๒๕๐๘ (๑๒ พฤษภาคม) ได้รับบัญชาแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดภคินีนาถ วรวิหาร พระอารามหลวง
พ.ศ. ๒๕๑๐ (๒ พฤษภาคม) ได้รับัญชาแต่งตั้งให้เป็นพระอุปัชฌายะ
พ.ศ. ๒๕๑๐ ( ๕ ธันวาคม ) เลื่อนชั้นพระสังฆาธิการเป็นพระครูเจ้าอาวาสพระอารามหลวง ชั้นตรี
พ.ศ. ๒๕๑๕ ( ๕ ธันวาคม ) เลื่อนชั้นพระสังฆาธิการเป็นพระครูเจ้าอาวาสพระอารามหลวง ชั้นโท
พ.ศ. ๒๕๑๙ ( ๕ ธันวาคม) เลื่อนชั้นพระสังฆาธิการเป็นพระครูเจ้าอาวาสพระอารามหลวง ชั้นเอก
พ.ศ. ๒๕๓๖ ( ๕ ธันวาคม) ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญ ที่ พระสุธรรมถาวร
พ.ศ. ๒๕๔๕ ( ๕ ธันวาคม) ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์ เป็นพระราชาคณะชั้นราช ที่ พระราชมงคลมุนี
ท่านเจ้าคุณพระราชมงคลมุนี ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดภคินีนาถ วรวิหาร ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๐๘ – พ.ศ. ๒๕๕๐ ครองวัดอยู่ ๔๒ ปี ถึงแก่มรณภาพ เมื่อวันที่ ๕ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๐
๑o.พระมงคลสิทธิญาณ ( วิสิทธิ์ นนฺทิโย ป.ธ.๕ ) เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน